Pada bulan Maret 1995, Kerajaan Belka menyerang Republik Ustio, mantan provinsi Belkan, dalam upaya untuk merebut sumber daya yang baru ditemukan diperlukan untuk ekonominya. Dengan banyak Ustio cepat jatuh di bawah pendudukan Belkan, sekutu pemerintah Ustian dengan Osea, Sapin, dan Yuktobania untuk melawan Belkans maju dari wilayah mereka sebagai Sekutu. Bagian dari upaya perang Ustio ini termasuk mempekerjakan pilot tentara bayaran untuk angkatan udara mereka, termasuk dua pilot dengan callsigns Cipher dan Pixy.
Cipher dan Pixy bekerja dengan unit-unit tempur Sekutu dalam mendorong Belkans dari Ustio. Sekutu menjaga kecepatan dengan serangan jauh ke Belka, dengan tujuan menghancurkan kemampuan warfighting nya. Pada saat yang sama, Pixy mulai mempertanyakan keabsahan invasi, terutama ketika Sekutu pesawat sasaran sipil dengan bom karpet. The Belkans dipaksa untuk meledakkan senjata nuklir di kandang untuk menghentikan Sekutu dari tindakan lebih lanjut. Dalam kebingungan dari ledakan nuklir, kebakaran Pixy pada pesawat dan gurun dia Cipher ini. Setelah menarik, Cipher dipasangkan dengan PJ sebagai wingman barunya.
Sekutu mendorong pada meskipun kejutan dari ledakan nuklir. Pemerintah Belkan jatuh dan digantikan oleh pemerintah sementara, yang memerintahkan semua pasukan Belkan untuk mundur. Cipher dan PJ menghilangkan Belkan kekuatan yang menentang perintah gencatan senjata. The Belkans dan Sekutu menandatangani perjanjian gencatan senjata, yang mengurangi ukuran militer Belkan dan partisi banyak wilayah yang kaya sumber daya Belka di antara negara-negara Sekutu. Sebagai Sekutu berdebat wilayah yang baru diperoleh, pilot dan tentara dari semua lima negara menunjukkan kekesalan mereka dengan membentuk sebuah organisasi teroris yang disebut Dunia Dengan Tidak Batas (AWWNB), yang berusaha untuk menghapus konsep perbatasan antara negara dan menciptakan dunia bersatu . Cipher dan PJ dikirim untuk memadamkan AWWNB, dengan kemenangan pertama menjadi kehancuran XB-0 Hresvelgr benteng udara dan pengawalan, yang Sapinish pemberontak skuadron Espada.
Pertempuran terakhir di game ini berjuang atas Avalon Dam, di mana Cipher dan PJ menghancurkan basis musuh mampu meluncurkan rudal balistik antarbenua, termasuk superweapon baru dengan nama kode V2; AWWNB berencana untuk menggunakan senjata untuk memaksa penyatuan global. Selama pertempuran, PJ ditembak jatuh oleh Pixy, yang membelot ke AWWNB, dengan yang baru diperoleh senjata laser nya ADFX-02 Morgan. Cipher mampu mengambil Pixy dan menghentikan ancaman AWWNB.
Seluruh cerita ini diceritakan melalui film dokumenter yang dibuat beberapa tahun setelah perang. Banyak musuh Aces Cipher berjuang berhasil mengeluarkan dari pesawat mereka dan bertahan perang, baik yang dikirim ke penjara atau terjadi menjalani kehidupan normal. narator berhasil melacak mereka semua dan wawancara mereka tentang pertempuran mereka dengan Cipher dari perspektif mereka sendiri. Diwawancarai akhir diturunkan menjadi Pixy, yang selamat dari pertempuran udara dengan Cipher. Dia kecewa dengan cita-cita AWWNB, tapi terus mencoba dan menemukan makna di dalamnya. Dia juga berkat Cipher, dengan harapan bahwa ia mungkin menonton wawancara. Narator menyimpulkan bahwa tidak ada informasi yang cukup untuk mengetahui siapa Cipher sebenarnya, tetapi kenyataan bahwa semua mantan musuh Cipher ini tersenyum ketika mereka ingat dia cukup baginya, "yang ... mungkin mungkin jawaban saya".
